En los últimos años, la investigación en el CES Don Bosco se ha caracterizado por desarrollarse en equipos interdisciplinares entre las distintas áreas de enseñanza. Siempre en colaboración con profesores, organismos e instituciones internacionales (UNESCO, IUS, etc.). Hay que destacar su enfoque aplicado, encaminado a adquirir conocimiento para mejorar la práctica educativa.
Durante el periodo 2016 2017, se están llevando a cabo proyectos de investigación como "Medida y desarrollo del pensamiento lógico y abstracto de los alumnos del CES Don Bosco y de alumnos en edad escolar (III Fase)", "Ciudadanía activa en educación superior: Indicadores de su ejercicio y para la formación (III Fase)", "Estudio de los hábitos saludables de los estudiantes universitarios" o "Aproximación al modelo finlandés de educación artística".
Durante el periodo 2015 2016, se están llevando a cabo proyectos de investigación sobre Ciudadanía activa en educación superior y en el ámbito de las habilidades socioemocionales.
Por otro lado se inician nuevas fases de investigación en proyectos como que definen el perfil del buen docente o que miden y desarrollan el pensamiento lógico y abstracto de alumnos.
Durante el periodo 2014 2015, se han llevado a cabo proyectos que determinan la capacidad de razonamiento lógico y abstracto de los estudiantes escolares y universitarios, que definen el perfil del buen docente o que continúan en una nueva fase con la evolución del nivel de competencia lingüística en lengua extranjera.
Durante el periodo 2013 2014, se han llevado a cabo proyectos en diferentes ámbitos como por ejemplo desarrollar una metodología creativa para el manejo de las habilidades del alumno, percepciones de justicia y derechos humanos en diferentes grupos sociales, conocer del impacto social del Programa Bilingüe de la Comunidad de Madrid, definir el perfil del “mejor maestro/profesor”, entre otros.
También se ha continuado con las siguientes fases de investigación en proyectos como la creación la colección "Hernández-Pacheco".
Durante el periodo 2011 2013, se han llevado a cabo diversos proyectos de investigación relacionados, entre otras temáticas, con las matemáticas y su comprensión, escritura creativa, significado sociológico del colectivo joven y el aprendizaje emocional en la infancia.